1-سی تی اسکن از اشعه ایکس استفاده می کند، اما MRI از مغناطیس و امواج رادیویی استفاده می کند.
2- بر خلاف MRI، سی تی، تاندون ها و رباط ها را نشان نمی دهد.
MRI-3 برای بررسی نخاع بهتر است-4 سی تی برای سرطان، ذات الریه، خونریزی مغز، به ویژه پس از جراحات و صدمات، مناسب است.
5- تومور مغزی در MRI واضح تر است.
6-یک تصویر سی تی، پارگی و صدمه بافت را بسیار سریعتر نشان می دهد.